המגוון הביולוגי בחוף הסלעי משתנה מאוד בזמן ובמרחב. ישנם הבדלים גדולים בין אזורים ואתרים שונים לאורך החוף, וכן קיימת כתמיות (אי רציפות) משמעותית של נוכחות אורגניזמים שונים אפילו בתוך האתרים. השונות והכתמיות נגרמות מהבדלים במורכבות הסלעים, בתנאי הים המקומיים (כמו זרמים), במיני אורגניזמים המצויים במקום (המשפיעים על טריפה או תחרות) ובשל השפעות האדם כמו פגיעה בסלע, דיג וכו'. השינויים יכולים לחול גם מעונה לעונה. לדוגמה, כתמי אצות גדולים בחורף והאביב שנעלמים לחלוטין בעונת הקיץ עובדה המעידה על דינמיקה רבה בין עונות ושנים. הגורמים לכתמיות ולדינמיקה העונתית והרב שנתית נחקרים בימים אלה.
הכרת שונות זו (בעזרת ניטור ומחקר) הכרחית לצורך שמירת הטבע בבתי הגידול הסלעיים. כמו כל המערכות האקולוגיות בכדור הארץ, הסביבה הימית עוברת שינויים מרחיקי לכת בשל פעילות האדם. שינויים אלו מואצים במיוחד בעשורים האחרונים בשל העלייה המשמעותית במגוון ובעוצמת הגורמים הפוגעים כמו דיג יתר, הרס בתי גידול, זיהום, מינים פולשים ושינוי אקלים גלובלי. שינויי האקלים בים התיכון הינם חדים יותר מאשר במרבית האזורים הימיים. לשינוי האקלים השפעה על היעלמות מינים מקומיים, כמו למשל, קיפודי ים שהיו נפוצים מאוד באזורינו והיום נדירים ביותר.
איום חשוב ביותר על המגוון הביולוגי בחוף הסלעי הינם כאמור אירועי יובש קיצוניים הנוצרים בעיקר בזמן שנושבות רוחות מזרחיות חזקות היכולות לשטח את הים ולא לאפשר לגאות לכסות את הסלעים. אלו אירועים טבעיים שיכולים להמשך מספר ימים ולעיתים אפילו שבועות. הם גורמים להתייבשות הטבלאות ולתמותה של אצות (תחילה הופכות לבנות) ושל חסרי חוליות שונים כולל חלזונות. מחקר של השנים האחרונות מראה כי אירועים אלה הולכים ומתרבים וכן מופיעים גם בחורף, העונה העשירה ביותר מבחינה מגוון המינים ופריחת האצות.